שו"ת נודע ביהודה בינוני 5 כרכים | מכון ירושלים

כמו כן נוסף פירוש על המנחת חינוך בשם "בשולי המנחה", ובו הערות קצרות על דבריו, וציונים לספרים הדנים בהם.  הבדל נוסף הקיים בין המהדורות הוא בסדר הפנימי של דברי המחבר בתוך כל מצוה. פעמים רבות, לאחר שסיים המחבר לדון בנושא אחד, וכבר החל לדון בעניין אחר, הוא חוזר לפתע לנושא הקודם ומוסיף בו דברים חדשים. הדבר נובע ככל הנראה מהעובדה שהספר לא נערך על ידי מחברו להדפסה, ולכן הוא נשתמר לפנינו בצורה הראשונית בה נכתב, לפי זרימת מחשבותיו של המחבר. במהדורת מכון ירושלים סדרו מחדש את דברי המחבר בצורה הגיונית יותר, בה נידון כל נושא בשלמות לעצמו.